Les origines de la bioéthique sont multiples: cette discipline relativement nouvelle s'est surtout constituée autour d'une double volonté: mener une réflexion sur les pratiques de recherche médicale sur l'être humain; remettre à plat d'une manière critique les conceptions paternalistes de l'éthique médicale traditionnelle, bousculées par les révolutions thérapeutiques et les changements sociaux du 20è siècle. A ce souci de réforme des pratiques biomédicales, s'est ajouté dans les années quatre-vingts un intérêt croissant pour la procréation médicalement assistée et le génie génétique, puis pour les biotechnologies en général, qu'elles soient d'application médicale ou non. Aujourd'hui, les questions d'éthique sociale liées à la médecine et à la santé font partie intégrante de la bioéthique. Ainsi, au fil des années, ce domaine s'est imposé comme un champ disciplinaire indispensable aux professions soignantes et, de plus en plus, aux scientifiques et autres professionnels concernés par les sciences du vivant et leurs implications philosophiques et sociales.

Héritier du projet de bioéthique initié par la Fondation Louis-Jeantet dès 1987, l'Institut d'éthique biomédicale a, depuis 1995, pour vocation la recherche et l'enseignement en bioéthique et en éthique clinique aux étudiants en médecine ainsi qu'aux étudiants d'autres facultés. L'enseignement del'éthique clinique, son enseignement dans le curriculum prégradué des études médicales est étroitement coordonné avec le Centre Universitaire Romand de Médecine Légale (Patrice Mangin, professeur ordinaire). L'Institut dispose d'un fonds documentaire important concernant la bioéthique, la philosophie morale ainsi que la philosophie de la médecine et des sciences biologiques.

Depuis 2001, l'Institut s'est associé un programme en sciences humaines en médecine (Micheline Louis-Courvoisier, maître d'enseignement et de recherche). Celui-ci explore les contributions de sciences humaines et de la culture à la compréhension des dilemmes de la médecine contemporaine ainsi que des expériences des professionnels et des patients.